Zaraz po wojnie zadaniem Jaruzelskiego była likwidacja podziemia ukraińskiego. Walka z Ukraińską Powstańczą Armią nie była na początku skuteczna i nie przynosiła zadowalających wyników. Na dodatek ( czego generał wypierał się do końca życia) jego jednostka zwalczała Podziemie Narodowościowe bardziej energicznie, niż partyzantkę banderowską. Mimo to 16 kwietnia 1946 r. wyznaczono Jaruzelskiego na przewodniczącego Wewnętrznej Komisji Kontroli, co było ogromnym wyrazem uznania także powodem do wielu przypuszczeń. Niejednokrotnie słusznych. Jeszcze w tym samym roku stał się pomocnikiem szefa sztabu 5 pp. ds. zwiadu, następnie drugim zastępcą szefa sztabu, po czym w lipcu tego roku został kapitanem. Już wtedy błyskawiczna kariera młodego oficera budziła poważne wątpliwości wśród starszej kadry oficerskiej. W tym samym czasie zaproponowano Jaruzelskiemu naukę w Wyższej Szkole Oficerskiej w Rembertowie, jednak odmówił, ponieważ nadal chciał walczyć z ukraińskimi partyzantami. Tym samym zdobył większe zaufanie przełożonych, a 22 lipca 1946 r. za walki z „ukraińskimi bandami” otrzymał Srebrny Krzyż Zasługi. Tu znowu oficjalny życiorys Jaruzelskiego mija się z prawdą, która była dość prosta. Talenty przyszłego generała już dawno postanowiono wykorzystać w pionie szkoleniowym a nie liniowym, więc w tym wypadku Rembertów stanowiłby stratę czasu.
W kolejnych latach mianowano go majorem (1948) i podpułkownikiem (1949). Od niego też niebawem zależało, kto może ubiegać się o dostęp do uczelni wojskowych, ponieważ od października 1949 r. był szefem Wydziału Szkół Oficerskich i Podoficerskich Zawodowych. Kolejne awanse doprowadziły go w 1953 r. do stopnia pułkownika. Następnie przeszedł stopnie generała brygady (1956), dywizji (1960) i broni (1968), żeby w 1973 r. uzyskać ostatecznie najwyższy stopień wojskowy – generała armii.
Tu wypada dodać małą dygresję. Wielu z was zastanawiało się, na czym polegały szczególne związki łączące Jaruzelskiego z Kiszczakiem. Tłumaczą to akta STASI o sygnaturze MfS HA II/10 ZMA 1763, s. 91 cyt.: „Szczególne związki łączą gen. Jaruzelskiego z gen. Kiszczakiem. Znajomość ta została zapoczątkowana jeszcze wtedy na początku lat 50., gdy gen. Jaruzelski był wykładowcą w Akademii Sztabu Generalnego, a gen. Kiszczak był, jeszcze w randze kapitana lub majora, oficerem kontrwywiadu na tej uczelni. Mówi się także, że gen. Kiszczak dostarczył dowody nadzwyczaj pozytywnego nastawienia Jaruzelskiego (do ustroju komunistycznego), gdy w 1952 roku gen. Kazimierz Witaszewski, ówczesny szef Głównego Zarządu Politycznego WP, próbował doprowadzić do zwolnienia z armii gen. Jaruzelskiego z powodu jego burżuazyjnego pochodzenia społecznego”.
Co jeszcze ciekawsze to fakt, że w dokumencie z maja 1949 r. (AIPN BU MBP 4314 – Informacja na oficerów wytypowanych do pracy w II Oddz. Szt. Gen. WP, 9.05.1949) znajdujemy informację, że „ppłk Jeruzelski ( błąd pisowni nazwiska. Pozostałe dane się zgadzają) Wojciech s. Władysława, ur. w 1923 r. w m. Kurów […] Jest naszym t/inf. »Wolski« – zawerbowanym 29.03.46 r. w 5 p.p. 3 D.P. na uczuciach patriotycznych. Charakteryzowany, jako jednostka wartościowa; członek Partii. Dobry tajny współpracownik, nadający się na rezydenta. K/m. ( materiały kompromitujące) nie posiadamy (dane z I Oddz. GZI WP 9.05.49 r.) „. Reasumując należy stwierdzić, że możemy stwierdzić na podstawie niepodważalnych źródeł krajowych, że Wojciech Jaruzelski zwerbowany został w początkach 1946 r. (zapewne 29 marca) przez Wydział Informacji 3. Dywizji Piechoty stacjonującej wówczas w Zamościu, podporządkowany w tym czasie Okręgowemu Zarządowi Informacji nr VII w Lublinie, „na uczuciach patriotycznych” – a więc bez żadnego przymusu ze strony oficerów GZI, czyli dobrowolnie. Tyle w sprawie mitu dobrego Polaka i oficera, który ratował się w trudnej sytuacji.
Po kilkumiesięcznym stacjonowaniu w pokonanych Niemczech pułk Jaruzelskiego wrócił do kraju i trafił na Śląsk, gdzie Jaruzelski został komendantem miasta Głubczyce. Brał udział w przesłuchiwaniu schwytanych Ukraińców oraz w wysiedlaniu ludności ukraińskiej na teren ZSRS. Niestety – w tym samym czasie on i jego ludzie brali udział w zwalczaniu oddziałów polskiego podziemia antykomunistycznego. Jaruzelski szybko w tym czasie awansował w służbowej hierarchii, zostając pomocnikiem szefa sztabu 5 pułku. W okresie czerwca 1946 roku oddziały podległe Jaruzelskiemu ochraniały obwodowe komisje wyborcze powołane do referendum ludowego. 14 czerwca 1946 roku Jaruzelski awansował na kapitana. Zaczynała się powoli kariera natury politycznej. We wrześniu, na odprawie oficerów pułku został wybrany na przewodniczącego Sądu Honorowego dla młodszych oficerów pułku a w swoich sprawozdaniach opisywał walki jednostek pułku z oddziałami WiN i represje wobec działaczy PSL. W styczniu 1947 roku Jaruzelski został zastępcą przewodniczącego komisji wyborczej w wyborach sejmowych. Jednocześnie jak już napisaliśmy współpracował ze złowrogą Informacją Wojskową.

W 1947 roku został wysłany na kurs szefów sztabu dużych jednostek do Centrum Wyszkolenia Piechoty w Rembertowie i 30 listopada tego roku został skierowany do cyklu taktyki piechoty i służby sztabów na stanowisko wykładowcy taktyki w Centrum Wyszkolenia Taktyki. Trafił także np. do zarządu klubu oficerskiego, jako kierownik działu pomocy społecznej. W tym samym roku stał się członkiem PPR….

10 lipca 1948 roku, zarządzeniem Bolesława Bieruta został mianowany majorem, a 25 stycznia 1949 roku, podpułkownikiem. Później szło to już szybko – 21 lutego 1949 został przeniesiony do Dowództwa Wojsk Lądowych na stanowisko szefa Wydziału Szkół i Kursów Oficerów Rezerwy Oddziału Szkół i Kursów Sztabu Wojsk Lądowych. Wydziałowi, którym kierował Jaruzelski, podlegały m.in dwie wyższe szkoły oficerskie. W dniu 11 października 1949 roku awansował na stanowisko szefa Wydziału Szkół Oficerskich i Podoficerskich Zawodowych. Było to stanowisko o tyle ważne, że sam mógł decydować o tym, kto może dostać się do szkoły oficerskiej.

W marcu 1950 roku Jaruzelski został mianowany szefem Wydziału Szkół i Kursów Oficerów Zawodowych i do jego obowiązków należały inspekcje w szkołach wojskowych. Z kolei jednak, w roku w 1953 nie przyjął propozycji objęcia stanowiska szefa sztabu korpusu lub starszego wykładowcy taktyki ogólnej i służby sztabów w Akademii Sztabu Generalnego. W październiku 1953 roku znowu awansował – na stanowisko szefa Oddziału Akademii Wojskowych w Głównym Zarządzie Wyszkolenia Bojowego. W grudniu 1953 roku był już podpułkownikiem. W lipcu 1955 roku, ukończył z wynikiem bardzo dobrym studia w Akademii Sztabu Głównego.