Po śmierci Breżniewa szef KGB Jurij Andropow został sekretarzem generalnym, co było przejawem chwilowego triumfu służb. Jednak po dwóch latach zastąpił go na jeszcze krócej przedstawiciel „betonu” Konstantin Czernienko (02.1984 – 03.1985) zastąpiony z kolei przez reformatora Gorbaczowa będącego „produktem” Andropowa i jego KGB-istów. Te wolty miały przełożenie także na to się działo w Polsce. Otóż duża część bezpieki cywilnej w Polsce (SB) w tym czasie popierała aparat partyjny. Podobnie aparat ten w ZSRS stał za Czernienką. SB próbowała wzmocnić swoją pozycję wobec WSW („wojskówka”), co mogło mieć związek z tym, że w tym czasie na czele resortu spraw wewnętrznych stał gen. Czesław Kiszczak, którego Jaruzelski przeniósł do MSW właśnie z wojska, co nie mogło się podobać części szefostwa SB, która tym samym traciła swoją autonomię a gen. Kiszczak nie był kimś, z kim można było iść na układy lub dyskutować – to był klasyczny oficer Informacji Wojskowej do specjalnych zadań wyznaczanych tylko przez Moskwę lub Jaruzelskiego.

Do tego dochodziła zwykła zawiść, że to właśnie „wojskówka” była głównym beneficjentem dochodów płynących z działalności tak zwanych „spółek polonijnych” i firm krzaków oficjalnie zajmujących się handlem zagranicznym a kontrolowanych przez bezpiekę wojskową. W tej sytuacji doszło do akcji, której celem było wycięcie a właściwie przejęcie kontroli nad służbą cywilną przez WSW. Kulminacyjnym momentem tych rozgrywek było zabójstwo ks. Jerzego Popiełuszki. Ten charyzmatyczny kapłan, kapelan robotników z Huty „Warszawa”, związany blisko z „Solidarnością” posługiwał, jako rezydent w parafii św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu. Znany był z bezkompromisowej postawy i odprawiania słynnych mszy za ojczyznę, które Jerzy Urban nazywał „seansami nienawiści”, zainicjowane jeszcze w 1980 roku przez proboszcza tejże parafii ks. prałata Teofila Boguckiego. Za swoją działalność ks. Jerzy był wielokrotnie szykanowany przez SB, stosowano wobec niego prowokacje i oszczerstwa. Niezrozumienie znajdywał też w kręgach hierarchii kościelnej z prymasem Glempem na czele, co było efektem działań agentury w kościele.

Ostatecznie we wrześniu 1984 roku zapadła decyzja o jego usunięciu. Bezpośrednia inspiracja wyszła podobno od samego Jaruzelskiego, który miał powiedzieć Kiszczakowi „załatw to, niech on nie szczeka”. Na tę zbrodniczą decyzję miały z kolei wpływ artykuły radzieckiego dziennikarza Toporkowa, korespondenta „Izwiestii” w Polsce, który napisał dwa sążniste teksty krytykujące bez pardonu władze polskie za tolerowanie działalności ks. Popiełuszki. Był to, więc potężny sygnał ostrzegawczy. Jego następstwem było uruchomienie przez Kiszczaka operacji o kryptonimie „Popiel”. W jej wyniku ks. Jerzy został porwany przez funkcjonariuszy SB w drodze z Bydgoszczy do Warszawy 19 października 1984 roku a następnie brutalnie zamordowany. Pojawiły się też spekulacje, że śmierć księdza mogła nastąpić 25 października po kilkudniowych torturach. Jego ciało wyłowiono 30 października z Wisły w pobliżu tamy we Włocławku.

Same okoliczności śmierci kapłana budzą wątpliwości. Przede wszystkim dotyczą one osoby jego kierowcy Waldemara Chrostowskiego, co, do którego istnieją uzasadnione, choć dyskusyjne podejrzenia, że współpracował z SB. Obciążają go liczne niejasności, dziwne zachowanie a także pewne ślady mówiące o tym, że figurował w aktach MSW, jako zabezpieczenie operacyjne o pseudonimie „Desperat”. Sprawę śmierci ks. Jerzego badał na początku lat 90-tych prokurator Andrzej Witkowski, którego władze już „demokratycznej” Polski odsunęły od tej sprawy, ale odkrył on m.in., że w to morderstwo zamieszani byli funkcjonariusze bezpieki wojskowej nadzorowani z kolei przez GRU. Dużo wskazuje na to, że oprócz inspiracji z Moskwy drugim dnem sprawy była rywalizacja między bezpieką cywilną a wojskową, o czym była mowa wcześniej. SB przeprowadziła zamach na życie księdza nie wiedząc, że WSW kontroluje sprawę a potem całość wykorzystano do kompromitacji służby. Wykonawcy mordu – Grzegorz Piotrowski, Waldemar Chmielewski, Leszek Pękala oraz ich bezpośredni przełożony płk. Adam Pietruszka – zostali skazani na więzienie w tzw. procesie toruńskim i zdegradowani.

Wskazali oni, jako inspiratora gen. Mirosława Milewskiego, jednego z sekretarzy KC PZPR i członka Biura Politycznego, byłego ministra spraw wewnętrznych. To stało się pretekstem dla Kiszczaka by go usunąć. Dodatkowo wyciągnięto jeszcze Milewskiemu udział w aferze „Żelazo”. W latach 70-tych z inspiracji bezpieki gang barci Janoszów dokonał szeregu zuchwałych akcji rabunkowych na terenie RFN, z których profity były dzielone między wykonawców i SB-Recję. Łupem przestępców padały zarówno dewizy jak i wartościowe przedmioty. Część z nich trafiła do prominentnych działaczy PZPR w tym samego Gierka. W ten sposób Kiszczak pozbył się rywali w MSW, któremu szefował i umocnił pozycję bezpieki wojskowej w państwie. Sam Milewski nie poniósł jednak odpowiedzialności karnej. Paradoksalnie był pod tym względem kryty, bo Kiszczakowi i Jaruzelskiemu nie zależało by ktoś z kasty prominentnych generałów znalazł się przed sądem. Na razie zadowoliło ich odsunięcie Milewskiego i ludzi z nim powiązanych. Z kolei pokłosiem operacyjnym tego wszystkiego była inwigilacja funkcjonariuszy, którzy mieli jakiś związek z zamordowaniem ks. Popiełuszki nakazana przez Kiszczaka, którą realizowano w latach 1985-1990. Absolutnie szokujący jest epilog tej tragicznej historii. 30 Października 1984 roku a więc w dniu wyłowienia zwłok księdza Popiełuszki z Wisły odbyło się spotkanie w czasie, którego generałowie Czesław Kiszczak i Wojciech Jaruzelski podejmowali zaproszonych za pośrednictwem Mieczysława Rakowskiego „wielkich” z opozycji to jest Tadeusza Mazowieckiego i Bronisława Geremka. Co ciekawe Kiszczak nagrał tę rozmowę zgodnie ze swoim zwyczajem (dotarł do niej wspomniany wcześniej Andrzej Witkowski). Z jej przebiegu wynika, że uczestnicy ustalili, że sprawę śmierci ks. Popiełuszki należy zamknąć i do niej nie wracać (czytaj nie wyjaśnić wszystkich wątków i poprzestać na tezie o winie funkcyjnych oficerów).