W ramach Resortu Bezpieczeństwa Publicznego główną rolę odgrywał powstały 1 sierpnia 1944 roku i dynamicznie rozbudowywany Departament Kontrwywiadu. Skupił on praktycznie wszystkie jednostki organizacyjne cywilnych służb specjalnych.

Równolegle z rozwijaniem się RBP, powoływano jednostki terenowe, tzw. Wojewódzkie Urzędy Bezpieczeństwa Publicznego (WUBP), Miejskie (MUBP), Powiatowe (PUBP) oraz Gminne (GUBP) Urzędy Bezpieczeństwa Publicznego, tym samym 10 listopada zatwierdzono ich etaty personalne, m.in.: WUBP 308 osób, MUBP 148 osób, PUBP 51 osób, oraz GUBP przy posterunku Milicji Obywatelskiej 2 osoby. W grudniu 1944 roku liczba tajnych funkcjonariuszy resortu wzrosła do około 2500-3000.

17 października 1944 roku na podstawie rozkazu nr 1 Radkiewicza został utworzona Szkoła Oficerów Bezpieczeństwa. Rozpoczęła ona swoją działalność 5 listopada 1944 roku w Lublinie, a jej murach kształciło się 200 słuchaczy. Kandydatów na oficerów dobierano wedle kryteriów klasowych oraz lojalności sowieckim mocodawcom.

1 stycznia 1945 roku Józef Stalin przekształcił lubelski komitet PKWN w Rząd Tymczasowy Rzeczypospolitej Polskiej, a Resort Bezpieczeństwa Publicznego w Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego (MBP). Trzy miesiące później Komitet Centralny PPR  określił pożądane proporcje – jeden funkcjonariusz ministerstwa na dwustu obywateli. Po przekształceniu PKWN w rząd tymczasowy rozpoczęto rozbudowę struktur ministerstwa, oprócz istniejącej już (przejętej po RBP) struktury, m.in. Departamentu Kontrwywiadu, istniały ponadto wydziały do spraw kartotek, łączności i techniki operacyjnej, zaopatrzenia, cenzury, więzień i obozów, kadr, ochrony rządu oraz ochrony jeńców wojennych, od kwietnia w warszawskiej centrali powstały kolejne departamenty, których do końca 1945 roku powołano ich pięć, oprócz pięciu samodzielnych wydziałów podległych ministrowi bezpieczeństwa publicznego Stanisławowi Radkiewiczowi.

Nowa struktura miała być zbudowana tak, by aparat „mógł wniknąć przy pomocy swojej agentury do wszystkich warstw społecznych i potencjalnie wrogich środowisk i by mógł z powodzeniem walczyć z antypaństwowymi elementami”.

 

Struktura bezpieki

Po kilku latach kształtowania się aparatu bezpieczeństwa powstała struktura o ściśle pionowej zależności składająca się z MBP (centrali), wojewódzkich urzędów bezpieczeństwa publicznego, powiatowych urzędów bezpieczeństwa publicznego, a na niektórych terenach w latach 1944–1945 również gminnych urzędów bezpieczeństwa publicznego, referatów ochrony (RO) i referatów wojskowych (RW) .

Podstawową jednostką organizacyjną w MBP były departamenty, w których skład wchodziły wydziały, podzielone z kolei na sekcje; w WUBP odpowiednikami departamentów były składające się z kilku sekcji wydziały; w PUBP występowały referaty (sekcje).

W szczytowym, przypadającym na rok 1953, okresie rozwoju liczebnego i organizacyjnego MBP na terenie całego kraju, oprócz rozbudowanej centrali w Warszawie,funkcjonowało: siedemnaście wojewódzkich UBP, dwa miejskie UBP na prawach wojewódzkich (w Warszawie i Łodzi), czternaście miejskich UBP, dziesięć UBP na miasto i powiat (Toruń, Będzin, Bielsko, Bytom, Częstochowa, Gliwice, Radom, Tarnów,Jelenia Góra, Wałbrzych), 265 powiatowych UBP, jeden  UBP na Nową Hutę i placówki UBP na m.st. Warszawę: UBP Wawer i UBP Włochy

W zwalczanie konspiracji i partyzantki zaangażowanych było kilka pionów w strukturze bezpieki.

W MBP z jednego z wydziałów Departamentu I (kontrwywiad) utworzono w kwietniu 1945 r. Wydział do Walki z Bandytyzmem, zaś w styczniu 1946 r. wydział ten połączono z Wydziałem „A” Departamentu I, tworząc nowy Departament VII do Walki z Reakcyjnym Podziemiem, na którego czele stanął Józef Czaplicki, zwany przez swe ofiary „Akowerem”. W marcu 1946 r. Czaplicki powrócił na swe wcześniejsze stanowisko wicedyrektora Departamentu I, zaś Departamentowi VII zmieniono numerację na Departament III. Do 1950 r. kierował nim znany ze skuteczności płk Jan Tataj (w 1950 r. ponownie zastąpiony przez Czaplickiego). Departament II (operacyjne zabezpieczenie poczty, radia, ewidencja, archiwum, łączność, perlustracja listów, od 1947 r. także cenzura) kierowany był kolejno przez sowieckich oficerów Jana Snigira, Leona Rubinsteina(równocześnie dyrektora Departamentu Ochrony Rządu) i Michała Taboryskiego; w 1950 r. z tego departamentu wyłoniono dodatkowo Departament Łączności oraz Centralne Archiwum, w 1952 r. zaś – Biuro „C” (szyfrów). We wrześniu 1945 r. utworzono Departament V Społeczno-Polityczny, z zadaniem rozpracowywania partii politycznych, instytucji oświatowych i kulturalnych, wymiaru sprawiedliwości, przedstawicieli wolnych zawodów, organizacji młodzieżowych, administracji, duchowieństwa. Wydział Wywiadu (II Samodzielny) w lipcu 1947 r. rozbudowano w Departament VII (Wywiadowczy). Również we wrześniu 1945 r. powstał Samodzielny Wydział III, później Wydział „A” (obserwacji zewnętrznej) oraz Samodzielny Wydział Śledczy (Wydział IV MBP), przemianowany w czerwcu 1947 r. na Departament Śledczy, na czele z ponurej sławy płk. Józefem Różańskim.W czerwcu 1948 roku powstało Ściśle Tajne Biuro do spraw Funkcjonariuszy, czyli wewnętrzna sekcja kontrwywiadowcza, mająca śledzić i kontrolować pracowników ministerstwa. 24 lutego 1949 powołano Komisję Biura Politycznego KC PZPR ds. Bezpieczeństwa Publicznego, która z ramienia PZPR nadzorowała i inspirowała aparat represji stalinowskich w Polsce, w tym całą strukturę MBP.W skład komisji weszli: Jakub Berman jako członek Biura Politycznego KC PZPR odpowiedzialny za bezpiekę, Hilary Minc Wiceprezes Rady Ministrów i przewodniczący Komitetu Ekonomicznego Rady Ministrów, gen. dyw. Stanisław Radkiewicz Minister BP oraz Wiceministrowie BP: oficerowie Roman Romkowski, Konrad Świetlik i Mieczysław Mietkowski (ten ostatni jako sekretarz Podstawowej Organizacji Partyjnej PZPR w Ministerstwie Bezpieczeństwa Publicznego).  2 marca 1950 roku powstało Biuro Specjalne, przemianowane w listopadzie 1951 roku na Departament X. Jego zadaniem było śledzenie i prowadzenie dochodzeń w sprawach wyższych funkcjonariuszy partyjnych i ich przyjaciół.

W ramach MBP znalazły się też: więziennictwo (Departament VI, powstały w marcu 1946 r. z Wydziału Więzień i Obozów), ewidencja paszportowa, Wojska Ochrony Pogranicza i KBW.

W okresie 1944–1956, wraz ze zwiększeniem liczby etatów, ewoluowała także struktura aparatu, dostosowując się do jego aktualnych potrzeb. Po latach jedynie nieliczni specjaliści są w stanie wymienić poszczególne wydziały/departamenty resortu, podać ich prawidłową nazwę i określić zakres przewidzianych dla nich kompetencji.Dla przykładu: tylko jeden z kilkunastu istniejących w MBP działów – Szefostwo Zaopatrzenia – w 1951 r. składał się aż z czternastu wydziałów.

Do zmian organizacyjnych w połowie lat pięćdziesiątych Ministerstwu Bezpieczeństwa Publicznego podlegało wiele formacji: urzędy bezpieczeństwa publicznego,Milicja Obywatelska, Korpus Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Wojska Ochrony Pogranicza, Ochotnicza Rezerwa Milicji Obywatelskiej, Straż Przemysłowa, Służba Więzienna. W 1953 r. siły MBP liczyły łącznie ponad 321 tys. osób, z tego: UB – 33,2 tys.,MO – 47,5 tys., KBW – 41 tys., WOP – 32,3 tys., Straż Przemysłowa – 32,2 tys., ORMO– 125 tys., straż więzienna – 10 tys.

Struktura MBP, maj 1953 rok:

Gabinet ministra

  • Minister – gen.bryg Stanisław Radkiewicz
  • Wiceminister – gen.bryg Mieczysław Mietkowski (Mojżesz Bobrowicki)
  • Wiceminister – gen.bryg. Konrad Świetlik
  • Inspektorat ministra (inspekcje zalecane przez ministra) – st.Inspektorzy płk-cy Antoni Pułda / płk Zbigniew Paszkowski
  • Departament I (kontrwywiad) – dyr/płk. Stefan Antosiewicz
  • Departament II (technika operacyjna, perlustracja korespondencji oraz ewidencji) – dyr/ppłk Michał Taboryski (Mojżesz Taboryski)
  • Departament III (walka z podziemiem zbrojnym) – kier/dyr/płk Józef Czaplicki (Izydor Kurc) / Leon Andrzejewski (Ajzen Lajb Wolf)
  • Departament IV (ochrona gospodarki narodowej przed wrogą działalnością) – dyr/płk Józef Kratko (syn Azriela i Bajli) /ppłk Bolesław Galczewski
  • Departament V (społeczno-polityczny) – dyr/płk Julia Brystiger (z domu Preiss)
  • Departament VI (więziennictwa) – dyr/Komisarz I stopnia Hipolit Duliasz
  • Departament VII (wywiad zagraniczny) – dyr/ppk/ Witold Sienkiewicz
  • Departament VIII (komunikacyjny) – dyr/mjr Czesław Radziukiewicz (Lalko – Białorusin)
  • Departament IX (ochrona przemysłu ciężkiego i specjalnego) – dyr/ppłk Stanisław Wolański
  • Departament X (walka z tzw. prowokacją w ruchu robotniczym) – dyr/płk Anatol Fejgin (syn Mojżesza i Marii Kacenlebogen)
  • Departament XI (walka z wrogą działalnością w związkach wyznaniowych) – dyr/ppłk/płk Karol Więckowski (Zenon Stachula)
  • Departament Śledczy – dyr/płk Józef Różański (Józef Goldberg)
  • Departament Ochrony Rządu – dyr/płk Faustyn Grzybowski
  • Departament Kadr – kier/płk. Mikołaj Orechwa (Białorusin, obywatel ZSRR)
  • Departament Szkolenia – dyr/płk Józef Kratko
  • Departament Łączności – dyr/płk Feliks Suczek
  • Departament Organizacji i Planowania – dyr/ppłk Włodzimierz Czubak (p.o.)/dyr/płk Michał Hakman (Mechel Hakman vel Adolf Ungar-Weiser)
  • Departament Ogólno-Administracyjny – dyr/ppłk Eugeniusz Dowkan
  • Departament Finansowy – dyr/płk Jan Kisielow (Iwan Kisielow)
  • Departament Zaopatrzenia – p.o.dyr/ppłk Jan Lech
  • Departament Służby Zdrowia – dyr/płk Leon Gangel ( Lew Gangel)
  • Departament Kwaterunkowo-Budowlany – dyr/płk Stanisław Pizło
  • Biuro Wojskowe (sprawy mobilizacyjne) – kier/ppłk/płk Roman Garbowski ( Rachamiel Garber)
  • Biuro Kontroli (kontrola finansowo-gospodarcza) – prawdopodobnie ppłk Joachim Getzel (syn Abrahama)
  • Biuro Prawne
  • Biuro Socjalne – kier/płk Stanisław Pizło
  • Biuro C (szyfry) – kier/mjr Antoni Boński
  • Samodzielny Wydział A (obserwacja zewnętrzna) – kier. Józef Wojciechowski
  • Wydział do Spraw Funkcjonariuszy – kier/płk Jerzy Siedlecki
  • Wydział Paszportów Zagranicznych – kier/kpt./mjr Amelia Leśniewska
  • Wydział Kadr przy Generalnym Dyrektorze ds. Zaopatrzenia – kier. Marian Sobczyński
  • Służba BO (przeciwdziałanie wrogiej propagandzie radiowej) – dyr./ppłk Anatol Jegliński
  • Centralne Archiwum MBP – dyr/płk Zygmunt Okręt ( Nechemiasz Okręt)
  • Kwatermistrzostwo Centralnych Jednostek MBP (zaopatrzenie centrali MBP) – kier. Henryk Sawicki
  • Komendantura MBP (ochrona gmachów i obiektów MBP) – kier/mjr/ppłk Bronisław Pietrakowski